早期病毒学应答可作为抗病毒治疗猜测远期效应的因素：治疗12周时血清乙肝病毒DNA或丙肝病毒RNA定性检测阴性或定量检测降低2个对数级（Log）以上，预兆未来治疗效果好，可以继承下去，否则应考虑更换治疗方案。病毒学检查：治疗3个月时测定乙肝或丙肝病毒指标；在治疗结束时及结束后6个月也应检测病毒指标。
印度索非布韦治疗丙肝最好配合利巴韦林，其次是普通印度索非布韦与利巴韦林联合疗法，疗效均优于单用普通α印度索非布韦。还应具体先容药物不良反应及其预防和减轻的方法，以及按期来病院检查的重要性，以取得患者的积极配合，进步疗效。
治疗的监测和随访相同：治疗前监测项目：治疗前应检测肝肾功能、血常规、甲状腺功能、血糖及尿常规。治疗开始后的第一个月应每周检查1次血常规，以后每个月检查1次直至6个月，然后每3个月检查1次。生化学检测：治疗期间每个月检查肝功，治疗结束后6个月内每两个月检测1次。医生应在治疗前向患者具体解释本病的天然病程，说明抗病毒治疗的必要性，抗病毒治疗的疗程、疗效及所需的用度等。但是治疗乙肝使用印度索非布韦时毫不能联合利巴韦林。
早期肝硬化的乙肝和丙肝患者都需要抗病毒治疗：早期肝硬化（代偿期肝硬化）患者，尽管对治疗的耐受性和效果有所降低，但为使病情不乱，延缓或阻止肝衰竭和肝癌等并发症的发生，建议在严密观察下给予抗病毒治疗。
